自动DNA合成仪的操作要点及故障排除介绍
自动DNA合成仪的操作要点：
1．合成开始后检查要点
合成开始时，检查第二个核苷酸脱DMT所产生的橘色，保证一切正常。*个DMT的颜色不能作为提供资料的依据，因为它是载体上装进的*个核苷的量度。检查合成柱是否渗漏，渗漏原因可能是由于柱子错误或柱子与合成仪上的luer接头未拧紧所致。检查监视器上的详细内容，必要时重新存储所需参数。
2．自动DNA合成仪上试剂的稳定性
无论合成进行到什么程度，试剂管道中的单体每几分钟就需要补充一次，不会出现严重的亚磷酰胺分解。但是如果仪器已经1h以上未运行，在合成开始前必须清洗试剂管路，除去管内分解的试剂。即使在zui好的条件下，试剂的寿命也是有限的，因此，要将在合成仪上存放2周以上的试剂弃去；对于合成30个碱基12 1-_的寡核苷酸，应用的亚磷酰胺和四唑在合成仪上的时间应短于一周。对于合成50mer或更长的寡核苷酸，应该用新鲜的亚磷酰胺、四唑和乙腈。
3．自动DNA合成仪上的试剂更换
在某一合成期间任何一种试剂用完都会导致合成失败，所以在合成前必须检查所有储液瓶内的试剂量。如果实验室内温度降至18~C以下，需要用电吹风温热储液瓶，使某些结晶溶解。如果一个位置配有一个一次性的瓶塞，当新瓶子放到合成仪上时，要检查并更换瓶塞。任何裂开的瓶塞都不能使用，*性的瓶塞也要检查。另外，要检查试剂瓶口边缘是否有缺口，缺口瓶在合成仪上塞不紧，不能输送试剂。
4．合成中更换试剂瓶
在特定循环上单体缩合、封闭、氧化完成后，等待用乙腈清洗，并中断循环和三个柱。然后按正常方法换瓶，取消所有中断信息，重新开始合成，千万不要让合成中断超过lmin，这样会使偶联率下降或造成合成失败。
自动DNA合成仪仪器的故障排除：
化学合成方法与生物化学方法之间有着显著的差别，材料和方法上非常小的改变常常会在所获得的产物以及保证可靠的合成路线之间造成差别。下面介绍几个zui可能引起故障的经验问题。
1．溶剂
大多数用在化学合成中的商品试剂都不够纯。因此使用前应该进行纯化（常用方法：蒸馏）。对于“专为合成DNA纯度”的溶剂也要检查其颜色（几乎所有的液体都是无色的）及透明度（颗粒将阻塞多孔玻璃，分子筛尘埃将造成合成失败）。大多数有关的杂质是水、酸、碱和金属离子。
水：对吸收水的化学试剂蒸馏一次，大多数溶剂的水分将会减少到10btg／g或更少。因为在偶联步骤中允许少量水的存在，故这种水分含量的溶剂可用于合成。许多溶剂都是吸潮的，因此所有溶剂的容器都应该塞紧，只能短时打开，通常没有必要在氩气中储存。
酸和碱：氯化的碳氢化合物常含有微量盐酸，在合成期间会使二甲氧基三苯甲基损失。通过下列方法可以进行检测：在5ml溶剂中溶解lmg的5，—O—二甲氧基三苯甲基脱氧核糖核苷酸衍生物，测定495nm处的吸收值，应该没有吸收。极性溶剂中的一级和二级氨能切断寡核苷酸与载体之间的键，可以用茚三酮试验检测。
金属离子：虽然溶剂中没有这一问题，但作为干燥剂的分子筛含有大量的铁。有些溶剂从分子筛中滤出三价铁离子，这种分子筛与DNA键合，引起碱基修饰和核苷酸间的切除。其他金属离子可能也是有害的。
2．试剂
DNA合成时，脱氧核糖核苷单体中小量的高反应活性的杂质造成的影响非常大。应用大量过量单体，扩大了杂质的影响。检测比较困难，但应该引起高度注意。在催化剂、偶联剂和脱保护剂中的杂质一般影响较小。
3．仪器
DNA合成可以用很多不同类型的仪器进行，总的原则是既能应用于磷酰二酯法，也可用于亚磷酰胺三酯法。仪器一般分为4种类型：手动、半手动、半自动化和自动化（DNA合成仪）。DNA合成仪减少了合成所需的手工劳动，但是仪器并不能取代人，机器的错误是随着仪器本身的检察能力而变化的。甚至高级的仪器都还没有能够准确地分析一个合成的成功与否或者根据提供的信息作调整的“反馈控制”。因此仪器并不是真正的“自动”（注意：测量释放的DMT基团仅仅是一种机械的检查，对可获得的产物量不是可靠的指导，只是对链扩增的效率有指导作用）。总之，无论选择哪种类型的仪器，接触溶剂的部分zui好选用玻璃或是聚四氟乙烯材料。
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